Pada zaman dahulu konon setelah tertangkapnya pangeran Diponegoro di Magelang pada tanggal 28 Maret 1930 banyak para pengikutnya yang berpencar dan berlari menyelamatkan diri kearah barat.

    Tertangkapnya pangeran Diponegoro karena tipu muslihat Belanda yang waktu itu dipimpin oleh jendral De Kock, sehingga menimbulkan kekecewaan dan kemarahan para pengikutnya, mereka bersumpah untuk tetap berjuang melawan penjajah Belanda sampai titik darah penghabisan, meskipun hanya dengan peralatan seadanya.

    Pengikut pangeran Dipenogero kebanyakan para alim ulama dan tokoh agama, namun demikian mereka tetap gigih berjuang membela rakyat agar terhindar dari penindasan, penyiksaan, penderitaan, kemiskinan dan keterbelakangan serta kebodohan.

    Dalam perjuangannya para pengikut pangeran Diponegoro sering mengadakan pertemuan-pertemuan didaerah Beran yaitu tanah puntuk dan lapang diareal lapang persawahan pinggir perkampungan, sambal berdakwah menyiarkan agama islam dengan cara sesepuh ulama membacakan kitap dan yang lain mendengarkan, menyimak dan memaknai proses pembelajaran seperti itu disebut Bandongan yang sekarang menjadi nama Desa dan sekaligus nama Kecamatan. Desa Bandongan yang dipimpin lurah Slamet Karto Redjo pada sekitar tahun 1930 lurah tersebut diganti lurah Suprapto kemudian diganti lurah Achmadi, mulai tahun 1980 s/d 1989 dipimpin oleh Amin Susanto, pada tahun 1990  s/d 1998 dipimpin Ir. Agus Munir,SH. Pada tahun 1999 s/d 2007 dipimpin kepala Desa Amin Susanto, pada tahun 2008 s/d 2013 dipimpin kepala Desa Mustofa Achmad, S.Ag, pada tahun 2014 dipimpin kepala desa Mustofa Achmad,S.ag. sampai sekarang.